Die Geschichte des Beginenhofs der Heiligen Agnes zählt viele Jahrhunderte. Im Jahr 1258 schenkt Willem van Rijckel, Abt der Benediktiner von Sint-Trudo von 1248 bis 1272, ein Grundstück in Sint-Truiden an die Beginen, die damals in der Stadt verstreut sind. Das Grundstück liegt außerhalb der Stadtmauern im Tal von Cicindria.
Im Jahr 1265 wurde die Kirche des Beginenhofs eingeweiht und die ersten Beginen zogen in den geschlossenen Hof ein. Später wurde die Kirche vergrößert, umgebaut und nach Schäden instand gesetzt. Die Beginenhofkirche ist das Juwel des Beginenhofs. Diese Kirche ist der Heiligen Agnes geweiht und befindet sich zentral auf dem Grundstück. Im Jahr 1797 wurde der Beginenhof aufgegeben und es zogen auch Nicht-Beginen ein.
1934 wird die Kirche an die “Freunde des Beginenhofs von Sint-Truiden” übergeben. 1935 wurde die Kirche entweiht und als Museum eingerichtet, nachdem eine gründliche Restaurierung stattgefunden hatte. Dies war eine Premiere in Belgien. Wandgemälde wurden von Cornelis Leggenhoek (1903-1971) aus Brügge restauriert.
Während des Zweiten Weltkriegs (1940–1945) wurde die Kirche durch Bombenangriffe beschädigt. Anschließend fanden Reparaturarbeiten statt. 1970 wurde die Beginenhofkirche der Provinz Limburg übergeben. Danach begann die Konservierung und Restaurierung der Wandgemälde durch das Brüsseler Königliche Institut für Kunstpatrimonium.
Seit 1998 steht der Beginenhof auf der Welterbeliste der Unesco und im Jahr 2004 wurde der Beginenhofplatz neu gestaltet.
Die Beginenhofkirche ist vor allem für ihre mehr als prächtigen Malereien bekannt. Es sind nicht nur Wandmalereien, sondern auch Kunstwerke auf Säulen. Diese Malereien umfassen den Zeitraum vom 13. bis ins 17. Jahrhundert und zeigen deutlich die mittelalterliche Glaubenspraxis. Viele mittelalterliche Wandmalereien stammen aus dem frühen 16. Jahrhundert. Diese wurden nach der Renovierung und dem Umbau der Kirche in den Jahren 1489-1511 angebracht. Es gibt Szenen, die dem Leben Marias gewidmet sind, nämlich die Krönung Marias (14. und 16. Jahrhundert) und aus dem 16. Jahrhundert: die Verkündigung oder Botschaft an Maria, die Tempelgang Marias, die Hochzeit Marias und Josefs, die Geburt Christi, der Tod Marias mit Himmelfahrt und der Rosenkranz. Es gibt auch Wandmalereien von unter anderem der Heiligen Cäcilia, der Heiligen Klara, des Heiligen Franziskus, der Heiligen Gertrud von Nivelles, der Heiligen Gudula von Brüssel, des Heiligen Hubertus und der Heiligen Lucia.
Der Beginenhof liegt an der Speelhoflaan in Sint-Truiden, knapp außerhalb des Zentrums.
